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同年，随着PS游戏《NOëL～La neige～》的发行，水树以门仓千纱都的名义推出了首张角色单曲《Girl's Age》，随后再以“门仓千纱都×NANA”的名义发行了个人第一张迷你专辑《NOëL ～La neige～départ chisato×nana》。

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2001年4月，为动画《妹妹公主》中性格内向的亚里亚配音。

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2002年8月，出演奇幻励志动画《彩梦芭蕾》，为“露羽”一角配音。10月，水树奈奈先是在动画《妹妹公主～Re Pure～》中继续饰演亚里亚一角，再于热血忍者动画《火影忍者》中配音木叶名门日向一族宗家的嫡长女日向雏田。11月，在电视动画《七人之奈奈》饰演主角铃本奈奈。同时，水树奈奈与秋田圆、浅木舞、中原麻衣、名冢佳织、福井裕佳梨、桃森梅结成声优组合“nana×nana”并演唱该动画的主题曲。

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