《名侦探柯南剧场版第3部：世纪末的魔术师》剧情简介

　　柯南看了原稿后，认为彩蛋有两颗，而在彩蛋的玻璃上映照出夏美曾祖父所盖的城堡，所以大伙儿及对彩蛋虎视眈眈的研究者决议要去此城探索 ，找寻第二颗彩蛋。在返回东京的船上，摄影师寒川被杀，而且和KID相同是被击中右眼。目暮带着白鸟赶到，调查后柯南发现凶手可能是职业杀手史考兵(音译，日文意思为蝎子)。而白鸟却几次揭穿柯南的提示，使小兰对柯南的身份起了怀疑。

　　到达东京后，大家前往城堡，阿笠博士为了送做给柯南强化的眼镜，与灰原哀也一同出发至城堡，不料少年侦探团也藏身在车上跟踪而行。在城堡中，柯南意外发现通往地下室的通道，在秘道中珠宝商乾被杀。而其他人在一个棺木中发现了第二个蛋，并明白了回忆之卵的真正含义。

　　但专门狙击人右眼的神秘杀手“史考兵”也在人群之中…… 她再次行动，目标是小五郎和小兰，刺杀失败后凶手抢走了彩蛋，并想烧毁城堡。柯南追赶凶手，在熊熊大火中，凶手露出了她的真面目……柯南在“白鸟”的帮助下逃出了火海。回家后小兰对柯南的真实身份再次起了疑问，正当柯南要说出真相时，“新一”出现了……