《钢弹Seed》分集剧情介绍（1-50全集）大结局

　　另一方面，正在追击永恒号途中的克鲁泽，似乎对门德尔这个地方十分的熟悉。主天使号对大天使号、永恒号及草薙号所在的门德尔发动了突袭。除了未完成最终调试的永恒号之外，大天使号和草薙号先后出动迎战。　双方交战之前，娜塔尔向大天使号表明了自己的身份，劝众人投降并表示愿意在军事法庭上作证；但被玛琉婉言谢绝。　在娜塔尔的出色指挥下，大天使号被打得毫无还手之力，草薙号也被牵制住无法行动。　克鲁泽队于此时赶到。看着正在交战的双方，克鲁泽决定带着伊扎克秘密潜入门德尔。感应到克鲁泽的存在的穆也和迪亚克回到了殖民卫星。　前去帮助大天使号的吉良，自己也陷入了极其严重的境地。

《钢弹Seed》分集介绍　第四十四话：螺旋の邂逅

　　危急时刻，吉良和阿斯兰先后爆发了种能力，将不利局面扳了过来；克罗特等三人被打得一败涂地，机体能量逐渐见底；与此同时，草薙号也摆脱了牵制，前来协助大天使号。见势不妙的娜塔尔当机立断，下令撤退。　另一方面，穆和迪亚克在殖民卫星内部遇上了秘密潜入的克鲁泽和伊扎克，四人捉对展开了激烈的MS战。得知驾驶暴风高达的对方正是迪亚克的伊扎克大吃一惊，而迪亚克也要求和伊扎克谈一谈。

　　发觉穆和迪亚克仍未归来的吉良也前往殖民卫星内部，正好救下了被克鲁泽击伤的穆。在克鲁泽的有意带领下，穆和吉良来到了研究所内部。在研究所里，克鲁泽不仅说出这里就是吉良的出生地，而且还透露出一个惊天的秘密……

《钢弹Seed》分集介绍　第四十五话：開く扉

　　在殖民卫星门德尔的研究所内部，穆和吉良两人因克鲁泽说出的冲击性的事实而受到极大的震撼：原来吉良是双胞胎中唯一被进行遗传基因操作而在人工子宫里成功出生的新人类；而克鲁泽竟然是穆的父亲——阿尔塔·弗拉格的克隆体；克鲁泽的最终目的，则是终结这个充斥着欲望的世界。　穆和吉良留在了研究所里；克鲁泽则返回了威萨利乌斯号上。　克罗特等三人恢复过来后，主天使号再度对大天使号发动了攻击；而强袭、暴风和自由三架高达均未返回的大天使号，只得由正义高达独自应战。　另一方面，返回到威萨利乌斯号上的克鲁泽，将“打开门的钥匙”托付给了芙蕾之后，开始向大天使号发动攻击。

《钢弹Seed》分集介绍　第四十六话：たましいの場所

　　战斗中，芙蕾带着“打开门的钥匙”乘上救生舱离开了威萨利乌斯号，并发出了救命信号。听到芙蕾的声音后，吉良迅即赶往救生舱，但却为三个强化人所阻拦，救生舱被主天使号回收成功。终于得到了“打开门的钥匙”里关于“中子干扰消除器”的情报，阿兹拉艾尔不禁大喜过望。　　遭到主天使号和ZAFT舰队夹击的大天使号等三艘战舰突破了ZAFT舰队的阻击。草薙号和永恒号向ZAFT的旗舰威萨利乌斯号合力发动了攻击。在曾经的部下阿斯兰和迪亚克的敬礼中，亚迪斯舰长和威萨利乌斯号永远地消失在漆黑的宇宙之中。

　　由于主天使号的三个强化人都达到了活动的界限，ZAFT方面也失去了旗舰威萨利乌斯号，大天使号等终于在激战中得以生还，但受伤醒来的吉良却因未能救出芙蕾而十分愧疚，在拉克丝的膝上痛哭不已。